En la isla de Tenerife, la mayor de las Canarias, llamadas "Afortunadas", y en el poblado de Villaflor, situado en las estribaciones del Teide, vino al mundo Pedro de San José Betancur, el 21 de marzo de 1626, de padres pobres y cristianos viejos, acaso descendientes del caballero francés descubridor de las Islas, Juan de Batancourt, que fueron incorporadas a la Corona de España por los Reyes Católicos en 1478. Se ignora porque el Hermano Pedro adoptó el apellido Betancur, ya que sus padres se llamaban Amador González de la Rosa y Ana García, como él mismo lo afirma en su Testamento.

De todos modos, "la nobleza de Pedro fue tan alta que más pueden honrarse sus reales antecesores con su virtud que él con sus coronas". El joven Pedro, de cuyos primeros años existen escasas referencias, se dedicó al pastoreo en los años de su adolescencia y primera juventud, hasta que un acaudalado comerciante tinerfeño lo tomó a su cargo, en calidad de ayudante, llevándoselo a la capital de Reino, Madrid. Allí oyó hablar del Nuevo Mundo, que era todavía, y lo seguiría siendo por mucho tiempo la "tierra incógnita" objeto de muchos sueños y ansias de aventura para muchos peninsulares.

Dando rienda suelta a sus crecientes impulsos de pasar a aquellos Reinos, de lo que indudablemente no estaba ausente el designio divino, y no si aconsejarse con personas prudentes, aunque no con sus padres, por temor de que le disuadieran de aquel empeño, se embarcó para América el año 1650, contando 24 años de edad, y llegó a la Perla de las Antillas, primer, y a las tierras del quetzal muy poco después, en 1651.

Desde Puerto Trujillo, en el que desembarcó, se dirigió a pie hasta la ciudad de Guatemala, titular de la Capitanía del mismo nombre. Y, postrándose en tierra, besó el suelo, y luego de rezar una Salve, dijo resueltamente: "Aquí he de vivir y morir".

A poco llegar, el volcán de Pacaya, menos pacífico que su majestuoso y familiar Teide, entro en erupción a consecuencia de un violento temblor que produjo muchas víctimas. Pedro de San José socorrió a los damnificados hasta que su quebrantada salud, deteriorada a consecuencia del largo viaje, le obligó a internarse en el hospital de San Juan de Dios.

Una vez recuperado, comenzó a trabajar como peón en una tejeduría, mientras comenzaba a madurar su decisión de ser sacerdote y misionero. Entretanto, y no obstante ser él mismo uno más entre los sin techo de la muy noble ciudad de Santiago, de los Caballeros de Guatemala, repartía entre ellos sus provisiones, reservándose lo indispensable para subsistir.

Levando adelante su propósito de ser sacerdote, por consejo de su director espiritual, el maestro P. Juan Lobo, jesuita, ingresó en el colegio de San Francisco de Borja, a los 28 años de edad, tarde para enfrentarse con la gramática y los talines; y más debiendo alternar los estudios con su trabajo en el telar, donde su patrón, Don Pedro de Armengol, le distinguía con su afecto y especial consideración, por lo cual sus compañeros de trabajo comenzaron a llamar al obrero-estudiante "el señor Don Pedro".

Su escasa retentiva, y el poco aprovechamiento de que dio muestras en algunos exámenes en los que no acertó a contestar ni una sola pregunta, a pesar de su aplicación y dedicación al estudio, le obligaron a abandonarlo.

Desde que llegó a Guatemala, su profunda y como innata inclinación a la vida de piedad, y su acendrada religiosidad, que, por lo demás, no aparece rodeada de circunstancias milagreras, sino que se desarrolla de una manera espontánea y encarnada en una vida de trabajo y dedicación al estudio, así como su amplia actividad curativa, le fueron rodeando de un halo de singularidad, y aun santidad, y su figura comenzó a ser pronto muy popular en Guatemala.