Este templo fue terminado en 1546, pero a causa de diferentes terremotos fue remodelado y ampliado varias veces. El arquitecto Juan de Dios Estrada fue quien construyó el templo actual, entre los años de 1751 y 1767. Uno de los mejores ejemplos del estilo barroco que predominó en la Antigua, es la bella fachada del templo de la Merced. Una muestra de la calidad arquitectónica que alcanzó la ciudad es el trabajo de ataurique que posee. (técnica de relieve en yeso con motivos vegetales). Sus campanarios son cuerpos macizos decorados con pilastras serlianas y almohadilladas, ventanas enrejadas y pináculos.
El templo en su interior esta formado por tres naves cubiertas con cúpula. Interiormente no tiene tanta decoración, puesto que los retablos dorados que adornaban el templo en la época colonial, se hayan en el templo de la Merced de la ciudad capital. La puerta de entrada esta enmarcada por columnas salomónicas y es una de la pocas puertas que se conserva con sus tallas originales. Durante el siglo XVIII se construyó la fuente del convento, que es la mayor de las que aún existen en La Antigua, mide 27 metros de diámetro y la columna central y la taza miden un poco más de 6 metros de altura. La cúpula del templo es también una de las más grandes, con una linterna decorada únicamente en la parte externa con dieciséis leones de cerámica vidriada.