En la época colonial su nombre oficial fue el del Colegio de Cristo de Recoletos de Nuestro Padre San Francisco. Este templo fue inaugurado en 1715, catorce años después de que se iniciara. Los terremotos de 1717, 1751 y 1773 dañaron completamente el edificio dejándolo en ruinas. En 1978 se realizó un gran trabajo de restauración en el sector sureste. Ahora esta área se utiliza como centro de restauración de bienes muebles.